Tout savoir sur le Sars-Cov-2 et la Covid-19

La Covid-19, pour Coronavirus disease 2019, est une pathologie infectieuse causée par un virus de la famille des coronavirus, le Sars-CoV-2.

Famille des coronavirus

Les coronavirus (Sars-CoV et Mers-CoV) circulent principalement chez les animaux et passent rarement la barrière des espèces pour infecter l’humain. Cette famille de virus a toutefois déjà causé trois épidémies mortelles.

Entre 2002 et 2004, l’épidémie de SRAS, syndrome respiratoire aigu due à la circulation d’un Sars-CoV issu d’une civette en Chine, a causé plusieurs centaines de décès.

En 2012, le Mers-Cov, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient, issu du dromadaire, a également circulé. Selon l’OMS, entre 2012 et 2019, 2 300 cas d’infections au Mers-CoV ont été confirmés, principalement sur la péninsule arabique, avec une létalité de proche de 35 %. La vigilance reste de mise.

Fin 2019 débute la pandémie de Covid-19 causée par le Sars-CoV-2, dont l’origine reste encore débattue. Les premiers cas de Covid-19 ont été identifiés chez des patients ayant fréquenté un marché à animaux à Wuhan, en Chine. La maladie s’est alors propagée à l’échelle planétaire, causant une crise sanitaire majeure. Plusieurs variants se sont succédé. Actuellement, le variant Omicron et ses sous-variants circulent quasi-exclusivement en France.

La Covid-19

Lors de la contamination, le Sars-CoV-2 pénètre par le nez ou la bouche. La protéine Spike située à la surface du virus lui permet de s’arrimer aux cellules tapissant les voies aériennes puis de s’y introduire. Là, comme tous les virus, elle utilise la machinerie cellulaire de l’hôte pour se multiplier et produire de nouvelles particules virales et virions qui iront coloniser l’organisme.

Pour lutter contre l’infection, l’organisme produit alors différentes molécules inflammatoires (cytokines ou autres marqueurs tel le TNF-alpha) qui agrègent les cellules immunitaires (macrophages, etc.). Parfois, la réaction inflammatoire devient hors de contrôle : on parle de tempête ou orage cytokinique. Elle peut survenir durant la deuxième semaine de la maladie et est associée aux formes graves qui nécessitent hospitalisation, mise sous oxygène et peuvent provoquer le décès du patient.

Le variant d'un virus est un virus qui présente une ou des mutations génétiques par rapport à sa forme d'origine. L'apparition de variants au cours du temps est un processus naturel, lié à la manière dont ces microorganismes se répliquent. Si une erreur survient et n'est pas corrigée, celle-ci conduit à une « mutation » qui peut aboutir à l'apparition d'un virus légèrement différent appelé variant.

Dans la grande majorité des cas, les mutations n'apportent aucune nouvelle caractéristique aux virus : ces mutations sont dites « neutres ». D'autres peuvent être délétères et nuire à la propagation virale : le variant ne perdure alors pas dans le temps.

Néanmoins, dans certains cas, l'accumulation de mutations peut faciliter l'infection, rendre le virus plus dangereux ou la protection conférée par le vaccin moins efficace. Les variants affectant la contagiosité, la virulence, ou l’échappement immunitaire sont classés comme « variants préoccupants » et font l’objet d’une surveillance renforcée par les autorités sanitaires.

Le Sars-CoV-2 se transmet par des gouttelettes et des aérosols expulsés par la bouche ou le nez des personnes infectées, lorsqu’elles parlent, éternuent, toussent. Les scientifiques estiment qu’une personne peut en contaminer une autre à une distance de moins de un mètre. En outre, ces fines gouttelettes ont la capacité de rester en suspension dans l’air, en particulier dans les espaces mal ventilés. Enfin, elles peuvent se déposer sur des surfaces inertes et survivre plusieurs heures, voire jours, ouvrant une nouvelle voie de contamination.

Les gestes barrières

En période d’épidémie, les gestes barrières permettent de limiter dans une certaine mesure la contamination. Plusieurs mesures permettent de prévenir la contamination : porter un masque FFP2, se laver les mains régulièrement, aérer chaque pièce.

En cas de tests positif, s’il n’est plus obligatoire de s’isoler, certaines mesures sont conseillées afin de limiter la transmission de la maladie, comme le port du masque, éviter les contacts avec les personnes fragiles, tousser et éternuer dans son coude, respecter une distance de deux mètres avec les autres et favoriser le télétravail. Il convient également d’informer les personnes avec qui l’on a été en contact, même en l'absence de symptôme, afin d'éviter qu’ils ne contaminent leurs entourage et qu’ils puissent surveiller leur santé.

Le vaccin

Chaque année, le vaccin contre la Covid-19 proposé correspond au variant en circulation. Il protège contre les formes graves, moins contre la maladie elle-même ou la transmission. Il est remboursé intégralement par l’Assurance maladie, dès l’âge de 5 ans. Une vaccination conjointe contre la grippe est recommandée pour les personnes éligibles aux deux vaccins. Mais attention, le vaccin contre la [gripp ne protège pas contre la Covid-19. Le virus de la grippe et le Sars-CoV-2 sont très différents ! Les deux vaccins peuvent être pratiqués en même temps, sur deux sites d’injection différents.

Qui est concerné par une dose de rappel vaccinal ?

Il est maintenant établi que les vaccins perdent en efficacité au cours du temps. La Haute Autorité de Santé (HAS) recommande donc une dose de rappel vaccinal auprès de certaines populations. Les personnes concernées sont :

• Les personnes de 65 ans et plus ;
• Les personnes présentant une comorbidité (hypertension artérielle compliquée, affections chroniques cardiaques, vasculaires, hépatiques, rénales, pulmonaires, diabète, obésité, cancers, personnes transplantées, personnes atteintes de trisomie 21, de troubles psychiatriques ou de démence) et étant à risques de formes graves de Covid-19 ;
• Les personnes immunodéprimées ;
• Les femmes enceintes, quel que soit leur trimestre de grossesse ;
• Les résidents en EHPAD et unités de soins de longue durée (USLD) ;
• L'ensemble des professionnels qui prennent en charge ou accompagnent des personnes vulnérables (soignants, transports sanitaires et professionnels du secteur médico-social) ;
• L’entourage des patients immunodéprimés.

Pour les personnes les plus à risque - notamment les plus de 80 ans, les immunodéprimés, vivant en Ehpad ou USLD -, une dose supplémentaire est recommandée, après un délai minimum de 3 mois.

Effets indésirables

Fin 2025, la vaste étude EPI-PHARE ² menée sur plus de 28 millions de Français a confirmé l'innocuité et l’efficacité des vaccins à ARNm, distribués dans le monde entier.

En France, l’ANSM suit la survenue d’effets secondaires, à partir des signalements réalisés sur le site du ministère de la santé. D’intensités faibles à modérées, ces effets sont fréquents et témoignent de la production de cellules immunitaires par l’organisme. Dans les trois mois suivants la primo-vaccination avec Comirnaty de Pfizer, des règles plus abondantes ont été rapportés chez certaines femmes.

A noter que de rares effets secondaires plus graves ont été rapportés après une vaccination par Comirnaty de Pfizer, principalement d’ordre cardiovasculaire (hypertension artérielle et quelques cas de myocardites et de péricardites). Ils représentent moins d’un cas pour 100 000 injections.

D'après les données de la littérature, l’âge est le principal facteur de risque de développer une forme grave de la Covid-19. Mais en l’absence de vaccination, certaines populations sont aussi plus vulnérables.

Selon le Haut Conseil de Santé Publique, les populations à risque sont :

• les personnes âgées de 65 ans et plus ;
• les patients avec antécédents cardiovasculaires ;
• les personnes atteintes d’une maladie chronique (diabète non équilibré ou avec complications, BPCO, asthme sévère, fibrose pulmonaire, syndrome d'apnées du sommeil, mucoviscidose, insuffisance rénale chronique dialysée, cancer évolutif sous traitement, cirrhose au stade B du score de Child Pugh au moins, obésité) ;
• les personnes atteintes d'immunodépression congénitale ou acquise ;
• les personnes atteintes d'un syndrome drépanocytaire majeur ou avec antécédent de splénectomie ;
• les personnes atteintes de maladies du motoneurone, de myasthénie grave, de sclérose en plaques, de la maladie de Parkinson, d'une paralysie cérébrale, de quadriplégie ou d'hémiplégie, d'une tumeur maligne primitive cérébrale, d'une maladie cérébelleuse progressive.
• les femmes enceintes à partir du troisième trimestre de grossesse.

Une partie des patients atteints de la Covid-19 ne présentent aucun symptôme : ils sont dits « asymptomatiques ». Selon l’institut Pasteur, 30 à 60 % des patients seraient concernés.

Dans les autres cas, les principaux symptômes de la Covid-19 sont la fièvre, la toux et la fatigue. La maladie peut aussi occasionner une gêne respiratoire (dyspnée). D’autres symptômes sont fréquemment rapportés : des maux de gorge, des maux de tête, un essoufflement, des diarrhées ou encore une perte brutale de l'odorat et du goût. Dans la majorité des cas, les symptômes disparaissent au bout de 5 à 14 jours. Chez les personnes âgées, une dégradation brutale de l’état général (réduction des capacités mentales, confusion, chutes répétées ou aggravation d’une maladie déjà connue) peut être associée.

Formes sévères

Dans les cas les plus sévères, le patient développe un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Cela constitue une urgence qui nécessite une prise en charge hospitalière rapide et une mise sous oxygène.

Plusieurs symptômes justifient une consultation en urgence : des difficultés à respirer (surtout au repos), des douleurs ou une oppression thoraciques persistantes. D’autres signes comme la confusion, la somnolence ou la perte de conscience, une peau froide ou moite, ou devenant pâle ou bleuâtre et la perte d’élocution ou de mobilité doivent aussi alerter.

A long terme

Des séquelles peuvent s’observer chez les patients ayant souffert d’une forme grave : il peut s’agir d’une fibrose pulmonaire, d’atteintes hépatiques, rénales ou cardiaques consécutives aux atteintes subies pendant la phase aiguë.

Des cas de symptômes persistants plusieurs mois, voire années, ont été rapportés. On parle alors de Covid long.

Le principal test utilisé pour diagnostiquer une infection par le Sars-CoV-2 est une technique appelée « RT-PCR », pour réaction en chaîne par polymérase via la transcriptase inverse (« reverse » en anglais). La « RT-PCR » sert ici à révéler la présence du matériel génétique viral au sein d'échantillons recueillis par des professionnels de santé dans le nez ou dans la gorge des patients (des techniques sur prélèvements « salivaires » sont aussi possibles). Ce test est à visée diagnostique : il révèle une infection en cours au moment du prélèvement.

Deuxième type de test : le test antigénique. Ici, il s'agit de détecter la présence de certaines protéines virales au niveau de prélèvements nasaux effectués chez le patient. Il est conseillé, en cas de test positif, de réaliser un test de « RT-PCR » afin de confirmer le résultat, les tests antigéniques étant considérés comme moins fiables que ce dernier.

Enfin, on peut noter l'existence d'un test « sérologique », conduit à partir de prélèvements sanguins. Son principe est basé sur la détection d'anticorps qui circulent dans le sang des patients. Ces anticorps sont produits par les cellules immunitaires lors de l'infection par le virus afin de le détruire. Ils peuvent persister longtemps dans le sang : aussi, ils sont surtout révélateurs d'une infection passée.

Le traitement de la Covid-19 associe repos, hydratation et prise de médicaments contre les symptômes (fièvre et douleurs).

Un antiviral (Paxlovid, associant le nirmatrelvir et le ritonavir) est disponible pour les patients ne nécessitant pas d’oxygénothérapie et à risque d’évolution vers une forme grave. Le traitement doit être débuté au plus tôt après le diagnostic, et au maximum 5 jours après. Il est contre-indiqué chez les insuffisants hépatiques sévères, insuffisants rénaux sévères et pendant la grossesse. En cas d’interaction médicamenteuse, une alternative (Veklury, remdésivir) est recommandée en seconde intention.

Pour les formes les plus sévères, une hospitalisation peut être nécessaire avec mise sous oxygène, prise de corticoïdes (dexaméthasone) et parfois d’anticorps monoclonaux.

A noter : les antibiotiques sont efficaces contre les bactéries, et non les virus. Ils ne sont donc pas efficaces contre le Sars-CoV-2. Ils peuvent toutefois être préconisés, en cas de surinfection bactérienne, pouvant aggraver la maladie.

Si le pic de la crise sanitaire est passé, il reste encore du chemin à parcourir afin d’éradiquer ce virus et ses différents variants de la surface du globe, d’endiguer sa circulation ou encore prendre en charge les formes longues de la maladie. Aussi, la recherche travaille sur différents fronts.

Mieux comprendre la maladie et les formes longues

Les premières phases d’infection par le Sars-CoV-2 sont désormais mieux connues, mais des zones d’ombre subsistent. Pourquoi certains patients développent des formes sévères ? Quels sont les marqueurs prédictifs ? Quels mécanismes sous-jacents expliquent les différents symptômes ? Pourquoi la maladie persiste-t-elle chez certains patients ? Quelles sont les causes et les mécanismes impliqués dans le « covid long »?

De nombreuses équipes de recherche continuent de travailler pour répondre à ces questions. Une étude financée par la FRM ³ a par exemple montré que des marqueurs rénaux et inflammatoires peuvent aider à stratifier le risque de développer une forme sévère. Une autre étude par Guilherme Dias Melo montre des effets à long terme sur le métabolisme cérébral. La recherche est aujourd’hui très active sur les formes longues de la maladie.

Améliorer les vaccins

La recherche se poursuit également autour de la vaccination. Premier objectif : mieux prévoir les vagues épidémiques, afin d’organiser les campagnes vaccinales de manière optimale. La vague épidémique de la rentrée 2025 est survenue quelques semaines avant le lancement de la campagne de vaccination, interrogeant sur la pertinence de caler cette campagne sur celle de la grippe. Les épidémiologistes et statisticiens améliorent leurs modèles pour prévoir les futures vagues épidémiques au plus juste.

Les scientifiques tentent en parallèle de développer des vaccins plus efficaces. Pour cela, une surveillance précise des souches en circulation est réalisée. De nouvelles formes de vaccins sont aussi à l’étude, comme celles ciblant les muqueuses du nez ⁴, premières à être en contact avec le virus.

Des traitements efficaces

Plusieurs pistes thérapeutiques sont aussi explorées, afin de proposer des médicaments plus efficaces. Il s'agit de développer ou d'identifier des traitements qui empêchent le virus d'entrer dans les cellules ou limitent leur multiplication.

Les chercheurs de l’Institut Pasteur ⁵ ont par exemple développé un anticorps qui bloque la porte d’entrée du Sars-CoV-2. Ce traitement pourrait être efficace contre les différents variants du Sars-CoV-2 ⁶.

Ces dernières années, les scientifiques ont aussi évalué de nombreux médicaments dits « antiviraux » pour leur action potentielle contre le Sars-CoV-2. Plusieurs molécules, telles que le bemnifosbuvir ou la fluvoxamine, ont suscité un vif intérêt mais les essais cliniques ont finalement été interrompus prématurément en raison d’une efficacité insuffisante. L’ensitrelvir a également montré des résultats intéressants mais, dans un avis rendu récemment à la Direction générale de la santé, il a été indiqué qu’étant donné le contexte épidémiologique actuel, il n’est pas considéré qu’« ensitrelvir ait, à ce jour, une place dans la stratégie nationale de prise en charge de la COVID-19, ni en prophylaxie post-exposition ni en traitement des formes légères à modérées et a fortiori graves ».

Les chercheurs s’intéressent enfin aux anticorps polyclonaux qui, à la différence des anticorps monoclonaux, peuvent se lier à plusieurs sites de l’antigène cible.

Prévenir l’émergence de nouveaux variants ou de nouvelles zoonoses

A travers le monde, l'émergence de nouveaux variants est suivie de près. De nombreuses plateformes effectuent du « séquençage à haut débit » afin d’étudier les différentes souches en circulation et prévenir tout risque de pandémie. Les résultats de ces séquençages sont recueillis dans des banques de données et mis à la disposition de la communauté scientifique.

Enfin, la pandémie de Covid-19 a révélé notre fragilité face à l’émergence de nouvelles pathologies. La recherche s’attelle à mieux comprendre l’apparition de ces zoonoses. Des équipes s’intéressent aux différentes souches de virus en circulation dans les populations animales, afin de mieux les appréhender. Ils testent de nouvelles molécules antivirales contre des coronavirus infectant les humains ou les animaux et s’intéressent à l’évolution du virus, en présence d’une immunisation par vaccin. Les chercheurs s’intéressent aussi aux portes d’entrée possibles des virus présents chez les animaux, notamment chez les chauve-souris. Ils ont par exemple découvert un récepteur ⁷ présent dans un alphacoronavirus capable de se fixer sur des cellules humaines. Ces animaux ne présentent en outre que peu de symptômes face à ces virus. Les chercheurs aimeraient mieux comprendre comment ces animaux tolèrent ces virus. Et ce, afin d’imaginer de nouvelles stratégies thérapeutiques.