Comme l’a montré la pandémie de Covid-19, les virus émergents constituent des menaces constantes. L’humanité a souvent été confrontée à l’apparition de virus qui se transmettent très rapidement, provoquant de nombreux décès.

On qualifie de « virus émergent » un virus qui apparaît pour la première fois chez un hôte, sans n’y avoir jamais été détecté auparavant. Ces virus peuvent provenir d’autres espèces, par exemple animales (zoonoses), ou de l’environnement. Il peut s’agir de virus inconnus ou de virus déjà connus ayant fait l’objet de mutations génétiques leur permettant de se transmettre plus facilement, de contourner les défenses immunitaires de l’hôte ou de devenir pathogènes pour de nouvelles espèces. On parle aussi de virus émergent pour les virus dont la circulation s’étend à de nouvelles zones géographiques. Le changement climatique, la déforestation et les échanges internationaux accrus augmentent significativement les risques.

Les virus émergents font l’objet d’une vigilance particulière de la part des autorités sanitaires, car ils sont susceptibles d’engendrer des maladies encore peu comprises, donc difficiles à diagnostiquer et à enrayer.

La recherche médicale est parvenue à de grandes avancées qui ont permis de faire reculer plusieurs épidémies de grande ampleur. Deux armes ont ainsi fait leurs preuves dans l’histoire : la vaccination et les thérapeutiques antivirales.

L’éradication de la variole, premier succès de la vaccination

Dans les années 1980, la vaccination a permis de faire complètement disparaître la variole de la surface du globe. Elle reste à ce jour la seule maladie humaine éradiquée grâce à la vaccination, illustrant l’efficacité d’une stratégie coordonnée à l’échelle planétaire.

La variole a été responsable de près de 300 millions de morts au cours du XXe siècle, d’après l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Cette maladie est un emblème dans l’histoire de la médecine. Son étude a permis la mise au point d’un procédé qui a précédé la vaccination : la « variolisation ». En 1796, un médecin britannique, Edward Jenner, s’est aperçu que les paysans au contact des bovins pouvaient contracter une pathologie proche de la variole, la « vaccine », ce qui les protégeait de la variole humaine. La vaccine provoque des pustules sur la peau. Le médecin a alors eu l’idée de prélever le contenu de ces pustules et de l’inoculer à des personnes indemnes. C’est le début du concept d’immunisation. Le procédé a bien sûr été amélioré depuis.

La lutte contre la poliomyélite, deuxième succès de la vaccination

Deuxième maladie redoutable freinée par la vaccination : la poliomyélite. Cette pathologie est liée à un virus qui s’attaque au système nerveux. Elle touche principalement les enfants de moins de 5 ans. Dans ses formes sévères, l’infection induit une paralysie qui peut persister tout au long de la vie, voire causer la mort.

Le vaccin contre la poliomyélite est né dans les années 1950. À l’heure actuelle, on considère la maladie comme éradiquée du continent africain. Mais elle continue à sévir dans certains pays comme le Pakistan, et plus récemment, le Moyen-Orient. Grâce à l’Initiative mondiale pour l’éradication de la poliomyélite (GPEI), les cas ont chuté de plus de 99 % depuis 1988, passant de 350 000 cas à moins de 200 en 2023. Deux des trois souches du poliovirus sauvage, les types 2 et 3, ont été déclarées éradiquées par l’OMS, mais le type 1 circule encore dans quelques régions endémiques, notamment au Pakistan et en Afghanistan.

Les grandes avancées des thérapies antivirales

De grands progrès ont également été réalisés dans le domaine des thérapies antivirales et dans la prise en charge de virus récemment apparus. Le meilleur exemple est l’avènement des trithérapies, utilisées contre le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) à l’origine du sida. Ces traitements, pris à vie, font diminuer la quantité de virus dans l’organisme des patients, ce qui permet de garder l’infection sous contrôle et d’empêcher sa transmission. En plus du traitement, la prévention a aussi progressé : la prophylaxie préexposition (PrEP) permet désormais aux personnes à risque de réduire fortement leurs chances de contracter le VIH. Cependant, l’épidémie continue : d’après l’OMS, 39 millions de personnes vivaient encore avec le sida fin 2022.

D’autres virus, autrefois incurables, font maintenant l’objet de traitements antiviraux efficaces. L’hépatite C peut par exemple être guérie dans plus de 95 % des cas, et en seulement quelques semaines, grâce à des antiviraux à action directe.

Malgré ces avancées marquantes et les réussites indéniables de la recherche, il reste du chemin à parcourir, non seulement pour prendre en charge les pathologies émergentes actuelles, mais également pour faire face aux futures épidémies.

L’OMS a établi la liste des virus émergents et des maladies associées qui nécessitent une vigilance particulière. L’organisme précise que cette liste n’est pas exhaustive et peut bien sûr évoluer si de nouveaux virus apparaissent.

Le virus de la mpox, ou variole du singe

La mpox, anciennement appelé « variole du singe » ou « monkeypox », est une zoonose, une maladie infectieuse ayant une origine animale. Elle est causée par un orthopoxvirus. En 2022, une épidémie a touché plusieurs pays, y compris des régions où la pathologie n’était pas endémique, comme les États-Unis, le Canada et plusieurs pays européens. Les symptômes les plus courants incluent des éruptions cutanées, de la fièvre, des maux de tête, et des douleurs musculaires. Des traitements antiviraux, comme le tecovirimat, sont utilisés pour traiter les cas graves, qui peuvent être mortels. Un vaccin préventif est disponible pour les personnes susceptibles d’être exposées.

Les coronavirus de type SRAS

Les coronavirus sont très répandus et en général responsables de simples rhumes, ou de syndromes grippaux bénins. Mais certains acquièrent des propriétés qui les rendent agressifs et hautement transmissibles. C’est le cas du SARS-CoV qui peut conduire au développement d’un syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) pouvant être mortel. Une première épidémie a engendré, selon l’Inserm, 774 décès dans 30 pays entre novembre 2002 et juillet 2003.

Le SARS-CoV-2, à l’origine de la pandémie de Covid-19, est un parent proche du SARS-CoV. La mise au point rapide de vaccins protecteurs, notamment de vaccins à ARN, a joué un rôle crucial dans la maîtrise de la pandémie. De nouveaux variants, comme Delta et Omicron, ont toutefois montré une capacité accrue de transmission et dans certains cas, une résistance aux vaccins. La flexibilité des technologies à ARN a permis une grande réactivité face à cette situation.

Aujourd’hui, tous les coronavirus sont inscrits sur la liste des virus émergents de l’OMS. Les autorités sanitaires continuent de surveiller l’apparition de variants.

Le virus Zika

Le virus Zika est apparu en Afrique en 1947 d’après l’OMS. C’est un arbovirus : son principal vecteur est le moustique, mais il peut être transmis au cours d’un rapport sexuel, ou de la mère à l’enfant durant la grossesse. La maladie qu’il provoque est asymptomatique dans 70 à 80 % des cas selon l’Institut Pasteur, ce qui rend sa détection difficile. Elle représente un danger particulier pour le fœtus chez qui elle peut induire une microcéphalie, un défaut de croissance de la boîte crânienne associé à un surrisque de mortalité. Chez les personnes symptomatiques, on rencontre essentiellement un syndrome grippal. Selon Santé publique France, lors de l’épidémie qui a sévi en 2016, 80 000 personnes ont consulté pour ce motif aux Antilles et en Guyane. La France métropolitaine pourrait aussi être touchée : en 2024, 3 cas importés ont été répertoriés.

Le virus de la fièvre hémorragique Crimée-Congo

La fièvre hémorragique Crimée-Congo est une maladie grave qui découle le plus souvent d’une piqûre de tique ayant contracté le virus auprès d’un animal domestiqué. Elle se traduit d’abord par des symptômes assez généraux comme de la fièvre, des douleurs musculaires et des nausées. La pathologie peut ensuite engendrer des lésions organiques au niveau du foie ou du rein. Elle est létale dans 10 à 40 % des cas selon l’OMS, et endémique dans plusieurs régions du globe, telles que l’Afrique, les Balkans, le Moyen-Orient et l’Asie.

Les virus Ebola et Marbourg

Le virus Ebola est un filovirus à l’origine d’une maladie grave qui se traduit d’abord par de la fièvre, des maux de gorge, et de la fatigue, puis par des diarrhées, des vomissements et des hémorragies. Souvent d’issue fatale, Ebola aurait selon l’Inserm touché 28 400 personnes lors d’une épidémie qui a eu lieu en Afrique de l’Ouest entre 2013 et 2016, causant 11 300 décès. Plusieurs anticorps monoclonaux ont permis de traiter la pathologie. Il existe également un vaccin préventif, avec une efficacité estimée entre 65 % et 100 % selon la Haute autorité de santé (HAS). Il est surtout prescrit aux personnes susceptibles d’avoir été exposées au virus.

Le virus Marbourg est de la même famille que le virus Ebola. Il induit des symptômes proches, avec des risques variables selon les types. D’après l’OMS, le taux de létalité est de 50 % en moyenne. En 2023, deux flambées de maladie à virus Marburg ont été signalées en Guinée équatoriale et Tanzanie.

Le virus Nipah

Selon l’OMS, le virus Nipah a fait son apparition en 1999 dans les élevages porcins de Malaisie. Il s’est depuis régulièrement propagé par flambées, notamment au Bangladesh et en Inde. La personne infectée peut développer des symptômes variables, allant de formes complètement asymptomatiques à des atteintes sévères des voies respiratoires pouvant conduire à des encéphalites mortelles. Le virus est globalement létal dans 40 à 75 % des cas. Le développement d’un vaccin contre la maladie est au cœur des recherches actuelles.

Le virus de la fièvre de la vallée du Rift

La fièvre de la vallée du Rift est liée à un phlebovirus, identifié pour la première fois en 1931 au Kenya selon l’OMS. La maladie est transmise par des animaux contaminés, ou des piqûres de moustiques. Ses symptômes sont assez généraux, la plupart des cas étant bénins. Les formes sévères, qui sont plutôt rares, peuvent toucher les yeux ou le cerveau, et provoquer des fièvres hémorragiques mortelles dans 50 % des cas. Ce virus est à l’origine d’épidémies régulières, comme celle qui a sévi à Mayotte en 2018-2019, touchant 143 personnes d’après Santé publique France, ou celle qui est apparue en Mauritanie en 2022, avec 47 cas recensés selon l’OMS.

Aujourd’hui, on considère que plusieurs facteurs inhérents aux modes de vie modernes favorisent l’émergence de nouveaux virus et la propagation de virus existants.

Les modifications de l’environnement et la déforestation

La majorité des maladies infectieuses émergentes ces dernières années proviennent d’un contact étroit avec les animaux. Ces pathologies sont qualifiées de zoonoses. Les virus animaux peuvent, à la suite de mutations génétiques, acquérir des caractéristiques leur permettant d’infecter les humains : ils franchissent ce que l’on appelle la « barrière des espèces ».

Les activités comme la déforestation, destinées à libérer des espaces agricoles, modifient les habitats des animaux. Les animaux domestiques se retrouvent alors davantage en contact avec les animaux sauvages, ce qui favorise la transmission de pathologies. Par extension, le risque de transmission d’un virus de l’animal à l’homme est ainsi accru.

Les changements climatiques et l’activité humaine

Les modifications climatiques telles que les hausses de températures et les variations d’humidité participent, avec l’activité humaine, aux changements dans la répartition géographique des espèces. C’est le cas du moustique tigre. Absent jusqu’ici de certaines régions d’Afrique, il est récemment parvenu à coloniser de nouveaux pays et à se propager jusqu’en Europe, avec le risque de transmettre les virus dont il est potentiellement porteur.

La hausse de la densité de la population mondiale et l’urbanisation

L’augmentation de la densité des populations et l’urbanisation à l’échelle mondiale favorise la transmission d’agents pathogènes entre les habitants. Dans les pays à faibles revenus, la forte concentration de personnes aux abords des grandes villes, associée à de mauvaises conditions d’hygiène, accroît considérablement le risque d’émergence et de propagation de maladies virales.

L’amélioration des moyens de transport et les flux de personnes

L’ouverture au plus grand nombre des moyens modernes de transport comme l’avion, dans le cadre de la mondialisation, facilite la propagation rapide des agents pathogènes. Cela constitue un véritable accélérateur en cas d’épidémie.

Cibler les vecteurs des maladies

Des recherches ont lieu sur le terrain pour repérer les réservoirs animaux abritant des virus avec un potentiel pathogène pour l’homme. Elles s’intéressent en particulier à des espèces de chauve-souris, animal porteur de nombreux virus pouvant être transmis à l’humain dans certaines conditions. Lorsque cela est possible, une autre approche de la lutte contre les virus émergents est de s’attaquer aux vecteurs des pathologies. De vastes campagnes destinées à rendre stériles les moustiques par génie génétique ont par exemple été entreprises dans les pays où les insectes peuvent transporter des virus. Ces campagnes ont une efficacité variable.

Prendre de court les épidémies

La mise au point de tests de dépistage rapides pour vite prendre en charge les malades constitue une aide précieuse pour contenir une épidémie. Les tests antigéniques et les tests PCR ont notamment été essentiels dans la lutte contre la Covid-19. La recherche utilise également des technologies informatiques pour améliorer la surveillance et prédiction des épidémies. Des méthodes de pointe, comme l’intelligence artificielle et le Big Data, sont exploitées pour analyser de grandes quantités de données épidémiologiques et faire ressortir les zones à risque.

Développer de nouvelles stratégies thérapeutiques

La recherche de traitements est évidemment une dimension clé de la lutte contre les virus émergents. Les thérapies peuvent viser à réduire les capacités d’infection des virus, ou encore à diminuer leur multiplication dans les cellules. Des antiviraux ont été utilisés pour traiter certaines formes de Covid-19. Des recherches sont en cours pour développer des traitements similaires pour d’autres virus émergents, comme Zika.

La mise au point de ces traitements passe par une fine compréhension des mécanismes pathogènes mis en place par les virus. La découverte récente de la structure d’une protéine indispensable à l’infection par le virus chikungunya a par exemple mis en évidence une cible thérapeutique intéressante. Des travaux du même ordre sont menés sur d’autres virus comme celui de la fièvre hémorragique Crimée-Congo ou le SARS-CoV-2.

Les vaccins constituent aussi un vaste champ de recherche. Ils peuvent avoir plusieurs objectifs comme contenir une épidémie, en limitant la transmission entre les individus, ou réduire l’intensité des symptômes chez les malades. Les vaccins à ARN ont montré une efficacité remarquable contre le virus de la Covid-19. Des efforts sont en cours pour développer des vaccins comparables pour d’autres virus émergents, tels que le virus de la fièvre de Lassa, le virus Nipah et le virus Ebola.