Présidée par Isabelle Seillier depuis octobre 2025, cette instance, qui représente les donateurs et les chercheurs, établit la stratégie de la Fondation pour la Recherche Médicale. Elle surveille la bonne gestion courante de la FRM exercée par le Directoire qu'elle nomme. Le Conseil est assisté dans cette fonction de surveillance par les trois comités consultatifs.
Composé de 16 membres cooptés, à l'exception des membres de droit, pour des mandats de 4 ans renouvelables deux fois maximum, le Conseil se réunit au moins deux fois par an.
Membres de droit
Michel Bart
Désigné par le Ministère de l'Intérieur, Conseiller d'État honoraire, Ancien secrétaire général du Ministère de l'Intérieur, Ancien préfet de région
Brigitte Bourguignon
Désignée par le Ministère de la Santé et de la Prévention ; Inspectrice générale des affaires sociales, IGAS Ancienne
