Lorsque le microbiote intestinal est perturbé dans sa composition et/ou son fonctionnement, on parle de dysbiose. Elle peut être due à un traitement antibiotique par exemple. Le retour à l’équilibre est en général assez rapide. Mais cette dysbiose peut aussi être chronique et liée à une pathologie. C’est le cas par exemple lors des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Le microbiote des patients renferme moins de bactéries ayant une action anti-inflammatoire, ce qui pourrait majorer la pathologie. Même constat avec l’obésité : certains malades présentent un microbiote perturbé, avec une perte de diversité, un excès de microorganismes délétères et/ou une insuffisance en micro organismes bénéfiques.

Récemment, des études ont suggéré un lien entre dysbiose et sévérité des symptômes dans la maladie de Parkinson et dans l’inflammation cérébrale observée dans la maladie d’Alzheimer. Des recherches semblent également montrer une influence du microbiote dans de nombreuses maladies neuropsychiatriques comme l’autisme, la schizophrénie, les troubles bipolaires et la dépression chronique. Enfin, des relations ont également été établies entre dysbiose et développement de cancers (gastrique, colorectal et même cancer du sein).

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