A la différence d’une association qui regroupe des adhérents, une fondation peut économiser de l’argent d’une année sur l’autre, ce qui lui permet de débloquer des budgets conséquents pour financer des projets spécifiques.

Elle n’a pas de membres adhérents (donc elle ne perçoit pas de cotisations) et ne touche de subventions ni de l’État, ni de l’Europe. Elle dispose, en revanche, lors de sa création d’une dotation assurant une certaine pérennité aux activités de la fondation.

Par conséquent, ses ressources proviennent :
- de la générosité de ses donateurs et entreprises partenaires ;
- des intérêts de sa dotation qui financent la majeure partie des frais de fonctionnement. En effet, la Fondation pour la Recherche Médicale emploie 26 salariés qui assurent son fonctionnement opérationnel.

En revanche, ses instances sont bénévoles, ce qui n’est pas obligatoire pour une fondation mais constitue un choix statutaire de la Fondation pour la Recherche Médicale