La Fondation pour la Recherche Médicale est issue de l’Association pour la recherche médicale, fondée en 1947 par les Professeurs Jean Bernard et Jean Hamburger, à la suite d’un appel à l'aide privée signé par 132 des plus importants chercheurs français. C’est en 1962 qu’elle devient une Fondation.

Privée et totalement indépendante de l’Etat, la Fondation pour la Recherche Médicale permet d’apporter à la recherche médicale les financements dont elle a besoin avec souplesse et réactivité, sur le seul critère de l’excellence.

Elle a été reconnue d'utilité publique par le décret du 14 mai 1965.